Le fondement de l’université, d’associer étroitement la recherche et la formation, ne signifie pas que toutes les universités peuvent développer des travaux de recherche dans toutes les thématiques scientifiques, mais que les formations proposées doivent être adossées à la recherche. Des différences importantes existent aujourd’hui entre les universités, et on trouve de « petites » universités, en taille, qui développent des thématiques de recherche originales dans lesquelles elles peuvent avoir un très bon niveau, et des formations dont les diplômés sont recherchés. L’enjeu, plutôt que d’établir une hiérarchie dont le danger serait que les universités qui ne sont pas considérés comme « de recherche » se désinvestissent de celle-ci et perdent en qualité, est de renforcer les coopérations entre les établissements en s’appuyant sur leurs atouts respectifs. Ce sont les regroupements d’établissements, fédérant les forces scientifiques, qui permettront à la fois d’acquérir une visibilité internationale, de porter la recherche au meilleur niveau, et d’offrir des formations en prise avec l’avancée des sciences.
En revanche, il faut aller plus loin dans la clarification des attentes de l’Etat. Il y a eu trop de paroles contradictoires, surtout dans le processus des Programmes d’Investissement d’Avenir. Des progrès ont été faits, mais il reste encore beaucoup à faire. La structuration du paysage de l’enseignement supérieur et de la recherche ne peut être déléguée à des experts extérieurs quelles que soient leurs qualités. Il revient à l’Etat de faire des choix et de les assumer.